Vi troviamo però il Tempio delle Tre Finestre, unico nel suo genere: ha consentito a studiosi quali Hiram Bingham di riconoscere nel luogo la leggendaria Tampu-Tocco, il “Luogo di Riposo delle Tre Finestre”, nota anche come Porto delle Tre Finestre. Se questa identificazione è giusta, allora 28 re pre-inca vissero a Machu Picchu tra il 100 e il 1100 d.C., e questo spieghe-rebbe il gran numero di edifici presenti nonché la grande varietà di stili impiegati. La storia ufficiale, per contro, suppone (poco realisticamente) che tutto lì sia stato costruito in meno di cento anni. L’arte della pietra nel tardo periodo inca non equivaleva in qualità a quella che produsse i megaliti più antichi, e Machu Picchu è un ulteriore esempio di questa verità. Se trascuriamo le molte costruzioni più recenti, sono non pochi i monumenti importanti che si distinguono per la loro superiore qualità.
Il Tempio delle Tre Finestre, è certamente il più bello tra tutti e si erge su un rilievo che guarda a oriente. Lì accanto c’è una misteriosa struttura a tre lati nota come “Tempio principale”, che contiene una serie di nicchie e di pioli. Questo tempio è costruito soprattutto con blocchi molto grandi, e una delle pareti appare caratterizzata da una pietra che presenta addirittura 32 angoli nelle superfici visibili. Dietro il Tempio principale una ripida scalinata conduce a un belvedere naturale, dove dalle rocce affioranti è stata ricavata una piattaforma triangolare. Qui si erge un masso scolpito con precisione, noto come Intihuatana. Dall’altro lato del Tempio principale, a una distanza analoga, si erge il Torreon (o Tempio del Sole), una torre molto ben costruita, dotata di due finestre e di un; entrata. Qual era lo scopo di queste strane costruzioni di Machu Picchu, con tutte le loro finestre e nicchie? Perché sono state erette in luoghi così inaccessibili? L;opinione generale è che Machu Picchu non fosse una fortificazione difensiva o strategica, giacché ci sono poche prove a questo proposito.
Taluni studiosi hanno sostenuto che Machu Picchu serviva come osservatorio e come calendario, e hanno citato come prove proprio le finestre, le nicchie e i pioli di cui altrimenti non si capirebbe la funzione. Ma non sono sinora riusciti a spiegare come mai fosse necessario per gli antichi astronomi darsi tanto da fare in una località così fuori mano. L’opinione che incontra maggiori consensi è che Machu Picchu, così come Cuzco, fosse una località sacra con scopi religiosi e cerimoniali. L’antropologo Johan Reinhard è uno dei maggiori sostenitori di questa teoria, e spiega che Machu Picchu è situata al centro di montagne sacre e in prossimità di un fiume considerato a sua volta sacro, legato al passaggio del sole. Costituisce un centro geografico, cosmologico, idrologico e sacro per quella regione.Questa interpretazione religiosa collega Machu Picchu e Cuzco ad altri luoghi quali: Baalbek, Tiahanaco e Chavin de Huantar. Sono tutte località divenute oggetto di pellegrinaggi, e tutte mostrano segni di alte tecnologie impiegate in tempi preistorici. Esiste forse un fattore comune che ha reso sacri questi luoghi?